Die Einnahme von Lecithin in Kapseln kann einen Schutz vor der Magensäure und Spaltung des Lecithins bieten, jedoch ist hier einiges zu beachten. Denn pflanzliche Kapselhüllen auf Basis von Hydroxypropylmethycellulose (HPMC) sind natürlicherweise nicht magensaftresistent und setzen den Inhaltsstoff bereits frühzeitig im Magen frei. 

Erst der Zusatz bestimmter Stoffe wie beispielsweise Gellan oder Pectin macht die Kapseln stabiler, so dass sie den Magen unbeschadet passieren und ihre Inhaltsstoffe erst im Darm freisetzen. Eine echte Magensaftresistenz mit Freisetzung im Dickdarm kann allerdings nur durch eine besondere Versiegelung der Kapseln mit natürlichen Lacken (wie Schellack) oder anderen Überzugsmitteln auf Basis von sogenannten Methacrylaten erreicht werden.

Ein weiterer Vorteil der Einnahme des Phosphatidylcholins in Form von Kapseln ist, dass es so optimal dosiert werden kann. Bei Einnahme eines magensaftresistenten granulierten Lecithin Pulvers aus einer Dose, muss die Menge immer genau abgemessen werden, um die richtige Dosis einzunehmen. 

Außerdem lassen sich Kapseln anders als Pulver leicht und rückstandslos schlucken. Bei der Einnahme von Pulvern muss häufig mit viel Wasser nachgespült werden, um alle Reste im Mund zu beseitigen, was viele Menschen als eher unangenehm empfinden.

Dies ist insbesondere unangenehm, wenn eine größere Menge von mehreren Gramm Lecithin eingenommen wird.